Nguyễn Ngọc Thơ là con một địa chủ giàu có ở miền Nam Việt Nam. Ông trở thành viên chức chính quyền thuộc địa tại Nam Kỳ với chức vụ tỉnh trưởng. Ông từng là Bộ trưởng Nội vụ của Quốc gia Việt Nam. Khi Việt Nam Cộng hòa được thành lập, ông được cử làm đại sứ tại Nhật Bản. Năm 1956, ông được triệu hồi về Sài Gòn. Ông trở thành Tỉnh trưởng Cần Thơ và được giao nhiệm vụ đối phó với lực lượng cát cứ của giáo phái Hòa Hảo lúc đó. Một diễn biến trong sự vụ này là ông đã cho mời Ba Cụt (tên thật Lê Quang Vinh) - một trong những chỉ huy nhánh quân sự của Hòa Hảo - về tỉnh để "thương thuyết". Khi Ba Cụt về, thay vì một cuộc "thương thuyết" như Ba Cụt tưởng, Nguyễn Ngọc Thơ ra lệnh bắt và sau đó giết hại Ba Cụt.[2]

Nguyễn Ngọc Thơ cũng giữ chức Quốc vụ khanh Kinh tế quốc gia. Tháng 11, Ngô Đình Diệm đã bổ nhiệm ông làm phó tổng thống và đã được Quốc hội Việt Nam Cộng hòa phê chuẩn vào tháng 12 năm 1956, theo quy định của Hiến pháp Việt Nam Cộng hòa.[3] Người ta tin rằng gốc gác miền Tây Nam Bộ của ông khiến ông dễ lôi cuốn sự ủng hộ những người nông dân miền Nam hơn, trong khi Ngô Đình Diệm là người Công giáo La Mã, có gốc miền Trung và được xem là theo chủ phái "gia đình trị".[4]